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O aprendizado de disciplinas básicas se dá, dependendo do conteúdo a ser ministrado, no Instituto de Ciências Biomédicas (conteúdos de imunologia, anatomia, histologia, biologia celular, microbiologia, parasitologia, fisiologia e farmacologia), no Instituto de Biociências (genética), no Instituto de Química (bioquímica e biologia molecular) e na Faculdade de Medicina. Em todas essas unidades são utilizadas salas de aula e laboratórios. O aprendizado das disciplinas clínicas e os estágios são realizados no Hospital das Clínicas, no Hospital Universitário e em unidades básicas de saúde, em especial no Centro de Saúde Escola do Butantã e no Distrito do Butantã.
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